宁波市微生物与环境工程实验室是2005年由宁波市科技局立项的市级重点实验室。定位于公益性服务功能为主兼顾科研教学，是宁波市重点学科---环境科学和生物工程省一流学科相关方向的重要支撑平台。2014年被宁波市科技局评估为优秀市级重点实验室。经10余年的建设与发展，目前实验室建筑面积2000平方米；万元以上仪器设备 103件，总值 1730万元。下设电镜实验室、海洋微生物生态过程实验室、水环境化学与污染控制实验室、水产动物病原与免疫实验室。
实验室建设着力点聚焦于服务地方经济建设的可持续发展，2018年完成的宁波市生态补偿机制政策研究，获省委副书记、宁波市委书记批示。实验室建设强化特色优势，紧紧利用我国的深远海科考平台，强化深远海资源与环境微生物研究与潜力评价，为我国，尤其是地方产业生物医药和环境生态修复，提供高效的潜力微生物资源。
实验室现有研究人员23名，其中具有正高级职称的人员9名，具有博士学位研究人员12名。主要从事现代环境微生物技术、水土环境污染控制、港湾海洋生态损害研究、水产动物病害防控等方向的应用基础研究。近十年来，实验室承担国际合作及国家、省部级及市、厅级以上项目70余项，总经费约3000万元。
